Titre de la thèse : Deep Learning methods for long non-coding RNA prediction in cancer
Le projet de thèse est porté par Fariza TAHI, en collaboration avec la société évryenne Adlin Science et l’Institut Curie.
Il a été classé 1er dans le processus d’obtention d’un financement Paris Région PhD 2021 !
Contexte
Les ARN non codants (ARN non traduits en protéines), notamment les ARN longs non codants (ARNlncs), suscitent depuis quelques années un intérêt croissant auprès de la communauté scientifique internationale, grâce à leur implication avérée dans de nombreux processus pathologiques comme le cancer. Ils sont ainsi de plus en plus considérés comme de potentiels cibles thérapeutiques ou biomarqueurs (marqueurs diagnostiques et pronostiques). Mais contrairement aux petits ARN non codants, ils sont très peu caractérisés.
Objectif
Dans ce projet, nous proposons le développement de méthodes computationnelles basées sur du deep-learning pour la prédiction et la caractérisation de ces ARNlncs. Les méthodes développées seront appliquées au cancer de vessie (4ème cancer en termes d’incidence chez l’homme) ainsi que dans un cancer pédiatrique, le rétinoblastome. Un petit nombre d’ARNlncs prédits comme potentiellement impliqués seront validés fonctionnellement par l’équipe de biologistes. Nous espérons in fine pouvoir proposer aux cliniciens de nouveaux marqueurs diagnostiques ou pronostiques et leur permettre de mieux comprendre les causes biologiques de la maladie afin d’optimiser les traitements.
Partenaires
Ce projet sera réalisé en collaboration avec la société Adlin, société experte dans l’analyse des données et l’équipe Oncologie Moléculaire de l’Institut Curie, équipe reconnue internationalement pour l’étude des cancers de vessie et composée de biologistes, cliniciens et pathologistes s’intéressant à ce cancer.
- Début de la thèse : 01/01/2022
- Direction de thèse cotée IBISC : Fariza TAHI (PR Univ. Évry, IBISC équipe AROB@S)
- Page Web de l’appel à candidature pour la thèse
- Site Web de la plate-forme EVRY-RNA
- Site Web de l’entreprise ADLIN Science
- Site Web de l’Institut Curie
